El colegio León Pinelo, en Lima, lleva su nombre en memoria de los hermanos Juan, Antonio y Diego León Pinelo. Cuando la comunidad judía concibe la idea de crearlo y ante la prohibición de usar nombres extranjeros para denominar colegios, elige el nombre de León Pinelo por su vínculo histórico con el pueblo judío y con el peruano. La historia del colegio se inicia en Marzo de 1945, cuando Natán Bistritzky, educador formado en Europa, llega al Perú con el anhelo de formar un colegio judío que sirva de guía a los jóvenes del país y que les permita crecer dentro de sus tradiciones. Solo con la existencia de una escuela comunitaria, se lograría incorporar la historia, el idioma, las festividades y las costumbres ancestrales del pueblo judío en la vida de estas familias.
Ese mismo año nace el Comité pro Colegio Hebreo, conformado por los señores Salomón Sterental, Marcos Roitman, Isaac Wecselman, Jacobo Franco, Lipa Gorn, Isael Brodsky, Abraham Batievsky y Moisés Niemand, cuya misión fundamental fue hacer realidad el sueño de una escuela judía en el Perú, a pesar de ser una de las comunidades más pequeñas a nivel mundial. Gracias a la voluntad y al empuje de los participantes, el Ministerio de Educación, a cargo del historiador Luis E. Valcárcel, da la aprobación final durante el Gobierno del presidente Bustamente y Rivero. En ese momento se contrata al doctor Manuel Beltroy, renombrado catedrático de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, como primer director del colegio, fue precisamente él quien sugirió el nombre de León Pinelo. Con un mobiliario modesto, un personal joven y una comunidad ansiosa, se inician las actividades académicas el 4 de Mayo de 1946 con tan solo 33 alumnos.
Los primeros cuatro años, el colegio estuvo ubicado en la calla General Varela del distrito Breña. Luego, se trasladó, por seis meses, al local del templo Sefaradí y más tarde, al local de la Avenida Brasil, en el distrito de Jesús María, quedando allí hasta 1954. Finalmente el 11 de Abril de ese mismo año, adquiere un local propio en el distrito de San Isidro, lugar donde se encuentra actualmente.
A lo largo de los años, el colegio León Pinelo ha contado con profesionales de alto nivel como directores: Manuel Beltroy, Víctor Rabanal, Alfonso Paz Soldán, Idel Vexler, y Supervisores Pedagógicos: Abraham Stempel, Ernesto Ehrmann, Jacques Messinger, Moshé Cohen, Eliahu Kehati, Tzvi Aviel, Guideón Sela, Ari Loebl, Mali Gal y León Trahtemberg, todos ellos destacados profesionales que han marcado el camino del progreso de la institución.